Primero, necesitamos encontrar todos los enlaces externos.
Hay dos.
El primero es encontrar todos los enlaces usando document.querySelectorAll('a') y luego filtrar lo que necesitamos:
let links = document.querySelectorAll('a');
for (let link of links) {
*!*
let href = link.getAttribute('href');
*/!*
if (!href) continue; // no atributo
if (!href.includes('://')) continue; // no protocolo
if (href.startsWith('http://internal.com')) continue; // interno
link.style.color = 'orange';
}Tenga en cuenta: nosotros usamos link.getAttribute('href'). No link.href, porque necesitamos el valor del HTML.
...Otra forma más simple sería agregar las comprobaciones al selector CSS:
// busque todos los enlaces que tengan: // en href
//pero href no comienza con http://internal.com
let selector = 'a[href*="://"]:not([href^="http://internal.com"])';
let links = document.querySelectorAll(selector);
links.forEach(link => link.style.color = 'orange');