Seguramente funcionará bien.
Ambas funciones anidadas se crean dentro del mismo entorno léxico externo, por lo que comparten acceso a la misma variable count:
function Counter() {
let count = 0;
this.up = function() {
return ++count;
};
this.down = function() {
return --count;
};
}
let counter = new Counter();
alert( counter.up() ); // 1
alert( counter.up() ); // 2
alert( counter.down() ); // 1